Naruto e o novo Time 7 liderado por Neji recebem a missão de escoltar uma sacerdotisa ao Santuário Selado para evitar o renascimento de um ser maligno chamado Mouryou, que pretende criar o Reino Milenar, acabando com o mundo da forma como é atualmente conhecido. Assim, Naruto e a sacerdotisa Shion lutarão contra um tenebroso destino traçado pela profecia: A Morte.