Tytułowego agenta 47 zaprojektowano genetycznie, by był najbardziej skutecznym zabójcą w historii. Jest znany tylko z ostatnich dwóch cyfr kodu, który wytatuowano mu na karku. Obdarzony niezwykłą siłą, szybkością i inteligencją jest niepokonaną maszyną do zabijania. Musi stawić czoło ogromnej korporacji, która planuje odkryć jego przeszłość i stworzyć armię super zabójców. Łączy siły z młodą kobietą, która może mu pomóc i razem wypowiadają wojnę śmiertelnemu wrogowi.